Konferencija yra aukščiausias LiMSA organas. Konferenciją sudaro tikrieji LiMSA nariai. Ji vyksta ne rečiau kaip kartą per metus. Konferencija vienerių metų kadencijai renka Prezidentą, tvirtina LiMSA Tarybą, Skyrių direktorius, pagrindinių veiklos programų vadovus, gali keisti LiMSA Įstatus, Reglamentą, spręsti kitus įstatuose nurodytus klausimus.

Taryba yra LiMSA valdymo organas. Tarybą sudaro Prezidentas, Skyrių direktoriai, pagrindinių veiklos programų vadovai, kurie į Tarybą yra deleguojami pagal pareigas ir tvirtinami LiMSA konferencijoje. Taryba vieneriems metams tvirtina Prezidiumo narius, LiMSA biudžetą, priima sprendimus dėl LiMSA veiklos ir pozicijų, sprendžia klausimus dėl LiMSA narystės ir bendradarbiavimo su tarptautinėmis ir kitomis organizacijomis, priima sprendimus kitais įstatuose nurodytais klausimais.

LiMSA prezidentas vadovauja ir atstovauja LiMSA, organizuoja LiMSA organų darbą, koordinuoja ir prižiūri LiMSA struktūrinių padalinių veiklą, yra atsakingas už Konferencijos ir Tarybos sprendimų įgyvendinimą, yra atsakingas už Prezidiumo veiklą, šaukia bei pirmininkauja Tarybos posėdžiams, atlieka kitas Įstatuose nurodytas funkcijas.

Prezidiumas yra LiMSA organas, kuris padeda prezidentui vykdyti ir organizuoti LiMSA veiklą bei vykdo kitas įstatuose nustatytas funkcijas. Prezidiumą sudaro prezidentas, vice prezidentas vidiniams reikalams, vice prezidentas išoriniams reikalams, generalinė sekretorė ir iždininkas.

Skyrius yra struktūrinis LiMSA padalinys. Skyriaus nariai yra LiMSA tikrieji nariai, studijuojantys viename universitete. Skyriui vadovauja direktorius ir Skyriaus taryba, renkami Skyriaus nuostatuose nustatyta tvarka.

Revizijos komisija yra LiMSA veiklos teisėtumą bei materialinių išteklių naudojimo tikslingumą kontroliuojantis organas. Ji yra renkama Konferencijoje vienerių metų kadencijai.